Francesco nasce ad Assisi nell'inverno del 1182 da Pietro di Bernardone e Madonna Pica, una delle famiglie più agiate della città.
Il padre commerciava in spezie e stoffe. La nascita di Francesco lo coglie lontano da Assisi, mentre era in Provenza, occupato nella sua professione. La madre scelse il nome di Giovanni, nome che fu subito cambiato in Francesco quando tornò il padre. La fanciullezza trascorse serenamente in famiglia e Francesco potè studiare le lingue e la musica; le sue note insieme alle sue poesie, furono sempre apprezzate nelle feste della città. Il padre desiderava avviarlo al più presto all'attività del commercio. Un giorno era intento nel riassettare la merce quando alla porta si presentò un mendicante che chiedeva l’ elemosina in nome di Dio. Dapprima Francesco lo scacciò in malo modo, ma poi pentitosi lo seguì e raggiuntolo vi si intrattenne, scusandosi ed elargendogli dei denari.

All'età di vent'anni partecipò alla guerra tra Assisi e Perugia, e fu fatto prigioniero. La prigionia e gli stenti formarono l'animo del giovane e più il corpo si indeboliva, più cominciava a subentrare in lui il senso della carità e del bene verso gli altri.
Tornò a casa nel 1206 gravemente malato e solo le amorevoli cure della madre ed il tempo lo ristabilirono, ma la vita spensierata, che nel frattempo aveva ripreso, gli sembrò vuota.

Spinto da idee battagliere decise di seguire un condottiero nel sud Italia, ma giunto a Spoleto, ebbe un'apparizione del Signore, che gli ordinava di tornare indietro; fu questo l'inizio di una graduale conversione.

Durante una breve permanenza a Roma si spogliò dei suoi abiti e dei denari; più tardi in Assisi davanti ad un lebbroso non fuggì come facevano tutti, ma gli si avvicinò e lo baciò. Gli amici lo schernivano e deridevano, il padre manifestava apertamente la sua delusione, solo la madre lo confortava.

Francesco scelse il silenzio e la meditazione tra le campagne e le colline di Assisi, facendo spesso tappa nella Chiesetta di San Damiano nei pressi della città, e il crocifisso che era nella cappellina gli parlò: "Va, ripara la mia casa che cade in rovina". Francesco vendette allora le stoffe della bottega paterna e portò i denari al sacerdote di San Damiano, ma l'ira di Pietro di Bernardone lo costrinse a nascondersi. La diatriba col padre fu risolta solo con l'intervento del Vescovo di Assisi, davanti al quale Francesco rinunciò a tutti i beni paterni.

Trasferitosi sul monte Subasio, dedicò i tre anni successivi alla cura dei poveri e dei lebbrosi. Nel 1209, durante la messa nella cappella di S. Maria degli Angeli ricevette l’ invito a uscire nel mondo e a privarsi di tutto per soccorrere i bisognosi. Di quel periodo è l'episodio del lupo di Gubbio, un animale che incuteva terrore e morte, ammansito dalle parole del santo. Le gesta di Francesco non passarono inosservate e dopo qualche tempo, si affiancarono i primi seguaci: Bernardo da Quintavalle, Pietro Cattani, poco dopo Egidio e Filippo Longo.

Le prime esperienze con i compagni si ebbero nella piana di Assisi, nel Tugurio di Rivotorto e alla Porziuncola; tutti i compagni vestivano come Francesco di un saio e di stracci. La data ufficiale della nascita dell'Ordine dei Frati Minori è il 1210, quando Francesco ed i compagni vengono ricevuti dal papa Innocenzo III che verbalmente approva la Regola.

Il Papa, in sogno, ebbe la visione della Basilica Lateranense in rovina ed un uomo che la sorreggeva per evitarne la distruzione, quell'uomo era Francesco.

Nel 1212, dopo aver ascoltato la predicazione di Francesco, Chiara d’ Assisi prese l ‘ abito monastico, istituendo il secondo ordine francescano, quello delle Povere Dame di San Damiano, chiamate Clarisse dopo la morte di Chiara. Sempre in quel periodo, dopo aver predicato in varie regioni italiane, Francesco partì per la Terra Santa, ma un naufragio lo costrinse a fare ritorno.

Nel 1213 Francesco ricevette dal Conte Orlando di Chiusi il Monte della Verna. Iniziò la sua predicazione a più lungo raggio che lo spinse a recarsi in Marocco, ma una malattia lo fermò in Spagna.

Nel 1216 ottenne da Onorio III l'indulgenza della Porziuncola, Il Perdono di Assisi, la più importante della cristianità dopo quella di Terra Santa. Nel 1219 Francesco partì al seguito della crociata e giunse in Egitto, predicò davanti al sultano, senza però riuscire a convertirlo, e poi raggiunse la Palestina. Nel frattempo l'Ordine ebbe i suoi primi martiri, uccisi in Marocco.

Nel 1220 Francesco tornò ad Assisi dove i suoi ideali di povertà, di carità, di semplicità fecero presa su molti.

A Greccio, in dicembre, istituì il Presepio, una tradizione cara alla cristianità.

Ritiratosi sul monte della Verna nel settembre 1224, dopo 40 giorni di digiuno e sofferenza affrontati con gioia, ricevette le stigmate, i segni della crocifissione. Venne poi portato ad Assisi, dove rimase per anni segnato dalla sofferenza fisica e da una cecità quasi totale, che non indebolì tuttavia quell'amore per Dio e per la creazione espresso nel Cantico delle Creature, probabilmente composto nel 1225, nell'ultimo periodo della vita di Francesco, quando veniva curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle. Il Cantico è uno dei testi fondamentali della letteratura italiana delle origini; sintesi poetica della vita e dell'opera del santo, rappresenta una lode a Dio per la sua opera che si rispecchia nella perfezione delle sue creature. Ogni elemento della natura - il sole, la luna, le stelle, l'aria, l'acqua - viene esaltato e definito "fratello" e "sorella" in quanto partecipe della comune paternità divina. Preghiera di ringraziamento a Dio, è un testamento di straodinaria intensità poetica, inno all'umiltà e alla povertà assoluta.

Sentendo prossima la fine terrena, Francesco si fece portare alla Porziuncola, in Santa Maria degli Angeli,
dove morì al tramonto della giornata del 3 ottobre 1226.